自治会・町内会の代表者、民生委員・児童委員、青少年指導員、小学校長などの委員をもって運営委員会を組織し、運営委員会が児童福祉法に規定される放課後児童健全育成事業の届け出を行っています。​

横浜市からは運営委員会への補助金が交付され、学童保育の運営はこの補助金と各世帯からの保育料で行われています。​

運営主体は運営委員会ですが、実際には父母会が運営を担い、父母と指導員とで力を合わせて学童保育を実施しています。